Деревянная Сергиевская церковь была разобрана во второй половине XIX века, когда уже пришла в ветхость. Тогда же в каменной церкви, справа, устроен придел во имя преп. Сергия, причем здание церкви отчасти было переделано: стена, отделяющая Покровский придел, была выбрана, и оба придела составили теплую церковь, а Троицкий холодный храм был отделен от них аркою, в коей были устроены двери, закрывающиеся на зимнее время. Иконостасы тоже были переделаны, причем все иконы были подновлены или заменены новыми245 .
По первой ревизии 1722 г., сказано в Истории Российской Иерархии, за Дедовскою Троицкою пустынью записано 12 душ крестьян (муж. пола) и земли: пахотной 3 четверти в поле и в дву по тому ж и сенокосной 8 копен246. По второй ревизии (1747 г.) - 7 душ. В ведомостях экономических крестьян по Тотемской округе, составленных по сказкам третьей ревизии 1762 г., крестьян Дедовской пустыни значится всего 4 души247. При введении штатов 1764 г., кроме крестьян, большая часть земли Дедовской пустыни, за исключением западной части Дедова острова, где находилась сама обитель, отошла в экономическое ведомство в число оброчных статей, отдаваемых с торгов на известное время248. Позднее, в 1830-1831 гг., по просьбе причта, Дедов остров был исключен из оброчных статей и отведен к Дедовской Троицкой церкви "в указанную пропорцию земли", высочайше пожалованной в надел церковных причтов, т.е. в число 33 десятин249. 11ри закрытии 1 роицкои Дедовской церкви в 1832 г. вся церковная земля перешла в ведение Спасо-Суморина монастыря и состояла в его пользовании до последнего времени. Всей земли на Дедовом острове числилось: а) под пустынью с ее постройками, а также под половинами р. Сухоны - 24 дес. 655 саж., 6) пахотной - 31 дес. 386 саж., в) сенокосной и под лесом - 5 дес. 518 саж., всего - 60 дес. 1559 саж.250.
В настоящее время в Дедовской пустыне одна каменная церковь, обнесенная каменною оградою. В ограде небольшой одноэтажный каменный дом на случай приезда настоятеля Суморина монастыря; за оградой, на севере,- деревянный флигель для братии, служащей при пустыне, и надворные постройки, а на юг - часовня над пещерою, вырытою основателем пустыни игуменом Ионою.
Существующая каменная церковь Дедовской Троицкой пустыни одноэтажная, в связи с каменной шатровой колокольней. Средняя часть церкви, четверик в два света, покрыт железным, в стиле барокко куполом, над которым поднимаются два восьмерика, поставленные один на другой и увенчанные небольшою главкою. Над приделами, по бокам главного корпуса, тоже поставлены небольшие главки. Весь корпус построен в стиле барокко и как-то не вяжется с колокольнею, построенной в древнерусском стиле. В церковь ведут два входа: с западной стороны, под колокольню, и с северной, в среднюю часть здания. Обе входные арки украшены наличниками. Наличник западной арки по рисунку в общем сходен с наличником входной арки в Казанскую церковь, под колокольней Богоявленского собора. Первоначальные перегородки, разделявшие желобки на части, как видно, осыпались, и в настоящее время все ссечены,- получились простые желобки. Наличник северной арки состоит из нескольких валиков.
Внутри в настоящее время здание разделяется на два храма: холодный в восточной части здания, с престолом в честь Живоначальные Троицы, и теплый, в западной части, с двумя престолами: во имя преп. Сергия, Радонежского чудотворца, и в честь Покрова Пресвятые Богородицы. Оба храма соединены аркою, которая на зиму закрывается дверью.