Впоследствии Иона, как сказано в рукописном "Описании основания Дедовской пустыни", был игуменом в монастыре преп. Зосимы и Савватия, Соловецких чуд. Действительно, основатель Дедовской пустыни был игумен Иона, а не иеромонах, как показано в истории Российской Иерархии. Это подтверждается, как увидим ниже, грамотой 1705 года, в которой он и назван игуменом. Но в каком монастыре он первоначально игуменствовал, можно сказать лишь предположительно. Собственно Зосимо-Савватиевского монастыря в Тотемском уезде не существовало. Если по этим названиям в "Описании основания Дедовской пустыни" разумеется Заозерская пустыня, то нужно прежде всего заметить, что первоначально она называлась Введенской227 и потом с периода 1623-1625 гг. стала писаться Заозерско-Введенской Зосимо-Савватиевской228. Первоначально в пустыне была только часовня в честь иконы преподобных Зосимы и Савватия, а потом, во второй половине XVII в., был устроен придел в честь их при Введенской церкви, что и отмечено в писцовых книгах 1677-1678 гг. и 1687-1688 гг.229. Кроме того, настоятельство в пустыни было строительское, и в печатном списке настоятелей Заозерской пустыни игумен Иона не упоминается230. Правда, возможно предполагать, что список напечатан здесь неполный и что игумен Иона в нем пропущен231. Но возможно предполагать и другое: едва ли в "Описании основания Дедовской пустыни" в названии монастыря не допущена ошибка. Если игумен Заозерской пустыни Иона действительно был духовником воеводы Ф. А. Лопухина, то думается, что последний в целях иметь возможность чаще видеться и беседовать со своим духовным отцом, вероятно, под каким-либо предлогом постарался бы исходатайствовать у духовной власти, чтобы игумена Иону перевели куда-нибудь ближе к Тотьме, наприпер, в Спасо-Суморин монастырь. В сохранившейся переписке Ф. А. Лопухина с преосвященным Александром, архиепископом Великоустюжским и Тотемским, есть подобное его ходатайство, но только о другом лице232. В письме от 24 сентября 206 г. (т. е. 1697 г.) Лопухин пишет Преосв. Александру: "Побрел, государь, к тебе Голубинской пустыни игуменъ Иона просить милости, чтоб ты к нему милость показал и учинил ево свободна Голубинскаго монастыря; пожалуй, государь мой, прикажи ему бедному быть во священстве или во братстве в Суморине монастыре, а зело б, государь, ему присвоено по ево старости у раки чюдотворца Феодосия, а служить своего братьею чреда.- А церковь, государь, теплая за твоим благословением строитца, а совершитца вскоре; пожалуй, государь, прикажи прислать анти-мис с ним Ионою"233. Переведен ли игумен Иона в Суморин монастырь, неизвестно. Ответного письма не сохранилось. На приведенном письме есть только пометка: "206, сентября во 28 день, привез игуменъ Иона. Против сего (т. е. в ответ) писано с ним же Ионою и святый антиминс послан". Не этот ли игумен Иона и был духовником Лопухина и основателем Дедовской пустыни? Может быть, первоначально он и служил в Тотьме пономарем в Воскресенской церкви, а потом священником в Богоявленском соборе и иеромонахом в Суморине монастыре.
"По прошествии многих лет", пишет автор "Описания основания Дедовской пустыни", считая, вероятно, со времени обретения иконы пономарем Иваном Яковлевым, "прилучися быти во граде Тотьме воеводе вел. болярину Федору Аврамовичу234, и оный игумен Иона был ему отец духовный". Во время бесед со своим духовным сыном игумен Иона "воспомяну ему, болярину реченная блаженным Андреем", причем высказал и о своем желании не только построить часовню на месте обретения иконы, но и поселиться там, если ему будет уступлена часть Дедова острова. Воевода исполнил желание Ионы, уступив ему весь остров. Это случилось, вероятно, не раньше 1698 года. После чего Иона построил для обретенной им иконы часовню и вблизи ее, на южном берегу острова, ископав пещеру, поселился жить. Потом "придя к нему в сожитие города Тотьмы Богоявленскаго собора клирик с братиею и с работными людьми", вместе с которыми "в лето 1704-е, при преосвященном Иосифе, архиепископе Великоустюжском и Тотемском" (был с 1700 по 1719 г.), игумен Иона построил первую деревянную церковь во имя преп. Сергия Радонежского.