С 1683 г. и по 1764 г. настоятелями были большею частью архимандриты. В это время состояние монастыря значительно улучшилось, а вместе с этим и число братии увеличилось. Были годы, когда число одних иеромонахов доходило до девяти, а всей братии числилось около 40-50 человек. Первым архимандритом был Игнатий (с 1683 г.). Он же записан и в писцовых книгах переписи 1687-1688 гг. В эту перепись в монастыре показано братии: архимандрит Игнатий, черной поп Иона, диакон Никон, 12 братьев иноков да в больнице (при монастыре) три монаха, в хлебне - 13 бельцов, монастырских вкладчиков. Кроме них, за монастырем при скотных дворах жили еще наемные рабочие люди погодно204. Архимандриту Игнатию и келарю монастыря Макарию в 1683 году приказом преосвященного Геласия, архиепископа Великоустюжского и Тотемского, было поручено принять в управление Зосимо-Савватиевскую пустынь городка Брусенца, состоявшего тогда в Устюжском уезде. При следующем архимандрите Ионе, в 1694 году, Суморина монастыря Протасию было разрешено устроить монастырь в Тотемском уезде на Тиксне, над местом погребения преп. Вассиана, пострижника Спасо-Суморина монастыря205.
По штатам, составленным в 1764 году, в Спасо-Суморине монастыре, как уже сказано, назначено быть только строителю и шести монашествующим. С этого времени состояние обители с каждым годом стало ухудшаться, а вместе с тем и число братии уменьшалось. В 1796 году, в год обретения мощей преп. Феодосия, в монастыре был только один старец строитель и два послушника. С этого же года число братии в монастыре стало постепенно возрастать, строитель Израиль в 1797 году был возведен в сан игумена, и настоятельство игуменское продолжалось до 1844 г., когда настоятель монастыря игумен Нафанаил был посвящен в архимандриты. При нем в 1850 году братии числилось, кроме архимандрита и 2 игуменов, 35 человек206.
С 20 октября 1866 г. указом Св. Синода после архимандрита Нафанаила настоятелем монастыря был определен уволенный за болезнею от управления Вятской епархией преосвященный Христофор, бывший раньше епископом Вологодским. В 1872 году 11 авг. преосв. Христофор скончался и был погребен в Введенской церкви монастыря.
С 1873 г. и по 1914 год настоятелями в монастыре были архимандриты: Феодосии (в мире протоиерей Павел Петрович Арсеньевский), Афанасий и Игнатий207. При архимандрите Афанасии в 1896 году было празднование столетия обретения мощей преп. Феодосия. В это время братии в монастыре, со всеми бельцами, было 120 человек: архимандрит Афанасий, игумен Феодосии, живший на покое, 6 иеромонахов, один белый священник, 4 иеродиакона, 13 мантейных монахов, 2 рясофорных, 22 послушника из духовного звания и 70 послушников-рабочих. Кроме того, в это же время в монастыре жил на покое преосв. Нафанаил, бывший епископ Архангельский.
В 1914 году 4 октября настоятелем монастыря определен иеромонах Кирилл, который управляет монастырем и по настоящее время (1917 г.). В 1918 году 19 мая настоятель Кирилл был возведен в сан игумена. В этом году братии было: настоятель, 7 иеромонахов, 3 иеродиакона, 12 мантейных монахов, 5 рясофорных, 11 послушников, 15 клиросных послушников и 45 послушников-рабочих, а всего 99 человек.