К переписи 1676-1679 гг. в монастыре были вновь построены Вознесенская церковь, ограда вокруг монастыря со святыми воротами и колокольня и увеличено число келий, что и записано в писцовых книгах176: "В монастыре церковь Преображения Господа и Спаса Иисуса Христа древяная, клецки, теплая, с трапезы, верх шатровой, а в церкви образов местных: образ Преображение... Другая церковь Вознесение Господа нашего Иисуса Христа древяная ж, клетцки, верх шатровой". Затем перечислены местные образа, среди которых упомянуты: "образ Софии Премудрости Слова Божия, на золоте, образ Достойно есть яко воистину блажити тя, Богородице, полной, на золоте, образ Похвалы Преч. Богородицы и с пророки, образ Единородный Сыне и Слово Божие" и другие. "У олтаря двери царские на золоте, резные... Да в церкве ж над мощами преп. Феодосия рака; около раки решетка деревянная; над ракою образ преп. Феодосия на золоте, приклад венец и гривна с каменьем, серебряные, чеканные, позолочены, 7 крестов серебряных, один крест позолочен с финифтью. На раке покров тафтяной, на покрове крест кружево серебряное. На покрове ж евангелие печатное, обложено бархатом, евангелисты серебряные, позолочены. Да на покрове ж крест осеняльной, серебряной, чеканной, позолочен. Да в церкви ж вериги железные и власяница преп. о. Феодосия. Другие вериги трудника Александра-схимника. У раки подсвечник белого железа... Сосуды серебряные, местами позолочены; кадило серебряное, чеканное, позолочено; четыре паникадила медные, у всех кисти шелковы с серебром, четыре свечи местные, деревянные... Третья церковь Введение Преч. Богородицы древяная ж, клетцки, верх клинчатой. А в церкве образов местных: образ Введения... Да около монастыря ограда деревянная, ворота святые рубленые; на вратах колокольня рубленая, клетцки, верх шатровой, на колокольне 9 колоколов да часы". Келий уже показано девять. За монастырскою оградою, по-прежнему, показаны конюшенный и коровий дворы"177.
При архимандрите Игнатии в 1685-1687 гг. деревянные Церкви Введенскую и Преображенскую решено было разобрать и вместо них построить одну каменную в честь Преображения Господня с приделом с северной стороны в честь Введения Пресв. Богородицы. Введенская церковь была разобрана и на месте ее была заложена новая каменная церковь. Эта перемена в переписи 1687-1689 гг. и отмечена в писцовых книгах178. "В Окологородной вол. у посаду монастырь Суморин Преображение Спасово Феодосиева пустыня. А в монастыре церковь Преображение Господа нашего Иисуса Христа древяная, теплая, с трапезою, верх шатровой. Другая церковь Вознесение Господа нашего Иисуса Христа древяная ж, холодная, верх шатровой. Да церковь каменная, с трапезою, не достроена, во имя Преображения Спасова, да в приделе Введение Преч. Богородицы. Врата святые. На вратах колокольня древянна, рубленная, верх шатровой. На колокольне 10 колоколов да часы железные, боевые с пречасьем. Ограда монастыря .древяная в замет. "Кроме церквей, в монастыре показано 7 келий, больница и хлебня, а за монастырем - двор "конюшенной" да "двор скотеи"179.
В 1689 году холодная каменная Преображенская церковь с трапезой и теплым Введенским приделом была закончена постройкой и тогда же, вероятно, была разобрана старая деревянная Преображенская церковь. По постройке из камня Преображенская церковь была первою и в городе и во всем Тотемском уезде. Рисунок ее сохранился на плане монастыря 1782 г. и на хоругви 1790-1795 гг. (см. рис. хоругви...). Средняя часть здания, четверик, как видно на рисунках, была в два света и увенчена обычным пятиглавием. Вероятно, здание было построено по плану старинных русских церквей: в основу был взят двухъярусный куб, увенченный пятиглавием, к нему с восточной стороны примыкал полукруглый алтарь, с западной стороны - низкая трапеза и с севера - придел. Главный Преображенский храм был холодный, в длину с алтарем и трапезой - 10 сажен, а придельный Введенский - теплый, в длину 6 сажен.
В 1749 году в Преображенской церкви был устроен новый резной иконостас с позолотой и написаны вновь местные образа. В этой церкви во время перестроек Вознесенской церкви стояла рака преподобного Феодосия.